2013년 컴퓨터종합학술대회
Current Result Document :
| 한글제목(Korean Title) |
공개용 분석 툴을 사용한 드래프트 게놈 어셈블리 생성 방법 |
| 영문제목(English Title) |
Workflow for building a draft genome assembly using public-domain tools |
| 저자(Author) |
원정임
공진화
신재문
최승혁
허선
윤지희
JungIm Won
JinHwa Kong
JaeMoon Shin
SeungHyuk Choi
Sun Huh
JeeHee Yoon
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| 원문수록처(Citation) |
VOL 40 NO. 01 PP. 0317 ~ 0319 (2013. 06) |
한글내용
(Korean Abstract) |
NGS(Next Generation Sequencing) 기술의 혁신적 발달로 시퀀싱 비용이 급격히 하락됨에 따라 대규모 크기의 유전체 염기 서열 해독을 소규모의 실험실 레벨에서 수행할 수 있게 되었다. 디노버 어셈블리는 표준 유전체가 없는 새로운 종을 시퀀싱하는 경우 리드들의 염기 서열 정보를 이용하여 원래의 전체 시퀀스를 재구성하는 것이다. 최근 많은 연구 결과가 경쟁적으로 보고되고 있으나, 그 대부분은 어셈블리된 시퀀스 조각인 contig와 scaffold 형태의 draft genome sequence로 염기 서열을 해독한 것이다. 또한 분석 툴과 분석 노하우 등이 충분히 개발/공개되어 있지 않기 때문에 이들 연구에서 제시하는 동일한 어셈블리 수행 과정 및 메소드들을 사용하더라도 같은 수준의 어셈블리 결과를 얻지 못하는 경우가 빈번히 발생한다. 본 연구에서는 이러한 문제점을 해결하기 위하여 기존의 다양한 공개용 툴을 사용하여 실험실 레벨에서 NGS 기술 기반의 디노버 어셈블리를 draft 단계까지 성공적으로 수행하기 위한 단계적 절차와 방법론에 대하여 논한다. |
영문내용
(English Abstract) |
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